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据统计，畜禽每天粪尿排放量与其体重成比牛为 7% ～9%，猪为 5% ～9%，鸡为 10%;生产 1 kg 牛奶所排出的污水约为 12 kg，生产 1 kg猪肉所排出的污水约为 25 kg。长期以来，各级政府对养殖业采取积极的扶持政策，将其作为国民经济的增长点，但对畜禽养殖污染的严重性和污染治理的必要性认识不够，行业主管部门和养殖场没有采取必要的减排治污措施，导致水质不断恶化，湖泊水库出现富营养化;土地重金属严重积聚超标，出现结板盐碱化;畜禽病原微生物和寄生虫病严重威胁人类健康;大型反刍动物排放的温室气体也是造成温室效应的重要因素。
2.（1）畜禽粪便重金属污染
微量元素是保证动物健康和促进生长所必需的，但很多饲料厂和养殖场为了盲目追求畜禽生长速度、增强动物抗病力或调控动物生理与代谢，超量添加铜、锌、砷、锰、铅等微量元素添加剂，但动物对金属元素的利用效率低，例如成年单胃动物对铜和锌的吸收率分别只有 7% ～15%和 5% ～10%，未被吸收的大部分通过粪尿排泄，另外，高剂量的金属元素在动物肉制品中大量积聚，直接威胁人类健康。
（2）畜禽粪便病原微生物污染
粪尿中微生物主要有正常微生物和病原微生物两类，正常微生物包括大肠杆菌、葡萄球菌、芽孢杆菌和酵母菌等;粪便中含有的病原性微生物包括青霉菌、黄曲霉菌、黑曲霉菌和病毒等;粪便中的寄生虫含有蛔虫、球虫、血吸虫、钩虫等。据报道，畜禽粪便中含有 150 多种人畜共患病的潜在致病源，主要为大肠杆菌、沙门氏菌、贾第虫（鞭毛虫）、弯曲菌及原虫，动物排泄物中使人致病的部分微生物。
（3）畜禽粪便氮磷污染
畜禽粪便中大量的氮磷通过雨水冲刷污染水体环境，使水体富营养化，引起藻类疯长，争夺阳光、空气和氧气，最终将使水体变黑发臭，导致鱼类及水生生物死亡;畜禽粪便过量施用，残留土壤中的 N，P 等物质渗入地下水，将导致地下水中浓度的升高，人若长期或大量饮用，可能诱发癌症。畜禽粪便氮磷的大量排放，导致生化需氧量高，畜禽粪便产生的氨气、硫化氢、甲基硫醇、三甲基胺等带有酸味、臭蛋味、鱼腥味等刺激性气体，对空气产生污染。
另外，生产者为了预防疾病，促进动物生长，在饲料中盲目使用抗生素(四环素、土霉素、黄胺类药物等)、激素类药物(雌激素、孕激素)、镇静剂(氯丙嗪、安定等)、激动剂(如克伦特斯罗)，造成药物在粪便和尿液中残留，污染环境，对动物和人类产生耐药性。